Thực hiện kê khai thuế GTGT Quý 3 là nhiệm vụ định kỳ mang tính chất quyết định đối với việc tuân thủ pháp luật thuế của mỗi doanh nghiệp. Đặc biệt trong kỳ tính thuế Quý 3/2026, sự ra đời của Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế các quy định cũ đã tạo ra nhiều vướng mắc cho kế toán trong việc lựa chọn biểu mẫu và ghi nhận chỉ tiêu.

Bài viết này Kế Toán Thuế Ngọc Vân sẽ hướng dẫn chi tiết cách lập tờ khai, phân biệt điểm khác nhau giữa hai biểu mẫu và cập nhật thời hạn nộp tờ khai chuẩn xác nhất.

Kê khai thuế GTGT Quý 3 áp dụng biểu mẫu Thông tư 80 hay Thông tư 89?

Căn cứ theo Thông tư 89/2026/TT-BTC ban hành ngày 30/6/2026 quy định chi tiết Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, văn bản này bắt đầu có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026.

Tại Khoản 1 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC về điều khoản chuyển tiếp nêu rõ:

"Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026, người nộp thuế thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực."

Như vậy, về mặt nguyên tắc pháp lý, kỳ tính thuế Quý 3/2026 (từ ngày 01/7/2026 đến hết ngày 30/9/2026) bắt đầu sau thời điểm 01/7/2026 nên sẽ phải áp dụng biểu mẫu tờ khai mới ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Biểu mẫu theo Thông tư 80/2021/TT-BTC chỉ còn giá trị bắt buộc đối với các kỳ tính thuế phát sinh trước ngày 01/7/2026.

Tuy nhiên, Khoản 8 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng quy định:

"Đối với các thủ tục kết nối, chia sẻ thông tin giữa cơ quan thuế với cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức, cá nhân trong tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính thuế cho người nộp thuế bằng phương thức điện tử thực hiện theo mẫu biểu, thủ tục, phương thức giao dịch điện tử đang áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, cho đến thời điểm cơ quan thuế thông báo chính thức áp dụng thống nhất trên Hệ thống thông tin quản lý thuế."

Đồng thời, theo hướng dẫn chuyển tiếp tại Quyết định 1934/QĐ-BTC năm 2026, nếu hệ thống Cổng thông tin thuế điện tử chưa kịp thời nâng cấp mẫu biểu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế vẫn tiếp tục sử dụng mẫu 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC cho đến khi có thông báo chính thức mới. Do đó, kế toán cần nắm vững quy tắc lập tờ khai trên cả hai biểu mẫu để chủ động xử lý số liệu.

Kê khai thuế GTGT quý 3

So sánh Tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 80/2021 và Thông tư 89/2026

Bảng so sánh dưới đây làm rõ các điểm khác biệt trọng tâm giữa hai mẫu tờ khai:

Hướng dẫn kê khai thuế GTGT Quý 3 theo Tờ khai 01/GTGT (Thông tư 80/2021)

Đối với trường hợp hệ thống thuế điện tử vẫn đang vận hành theo biểu mẫu Thông tư 80/2021/TT-BTC, người nộp thuế điền số liệu vào các chỉ tiêu trọng yếu như sau:

1. Thông tin kỳ tính thuế và phát sinh

• Chỉ tiêu [01b]: Xác định kỳ tính thuế theo quý hoặc theo tháng. Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống hoặc mới thành lập được kê khai theo quý. Doanh nghiệp có năm đầu hoạt động chưa đủ 12 tháng thì năm thứ 2 vẫn áp dụng kỳ kê khai như năm đầu.

• Chỉ tiêu [21]: Đánh dấu "X" nếu trong quý doanh nghiệp hoàn toàn không phát sinh hóa đơn đầu vào lẫn đầu ra.

2. Thuế đầu vào chuyển sang và mua vào trong kỳ

• Chỉ tiêu [22]: Điền số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ này, giá trị này phải khớp hoàn toàn với chỉ tiêu [43] của tờ khai Quý 2 liền kề.

• Chỉ tiêu [23] và [24]: Giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào chưa có thuế GTGT và tiền thuế GTGT tương ứng căn cứ trên các hóa đơn mua vào hợp lệ, chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu hoặc thuế nhà thầu.

• Chỉ tiêu [23a] và [24a]: Ghi nhận riêng giá trị và tiền thuế GTGT của hàng hóa nhập khẩu (lấy từ tờ khai hải quan và giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước).

• Chỉ tiêu [25]: Tổng số tiền thuế GTGT mua vào đủ điều kiện được khấu trừ trong tổng số thuế đã kê khai tại chỉ tiêu [24].

3. Kê khai hàng hóa, dịch vụ bán ra

Căn cứ vào hóa đơn GTGT đầu ra phát sinh trong kỳ, phân loại vào các nhóm:

• Chỉ tiêu [26]: Hàng hóa, dịch vụ bán ra không chịu thuế GTGT (ví dụ dịch vụ khám chữa bệnh, giáo dục).

• Chỉ tiêu [29]: Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chịu thuế suất 0%.

• Chỉ tiêu [30] và [31]: Doanh thu và tiền thuế đối với nhóm chịu thuế suất 5%.

• Chỉ tiêu [32] và [33]: Doanh thu và tiền thuế đối với nhóm hàng chịu thuế suất phổ thông 10%.

• Chỉ tiêu [32a]: Hàng hóa, dịch vụ bán ra không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

4. Kê khai điều chỉnh và xác định nghĩa vụ thuế

• Chỉ tiêu [37] và [38]: Chỉ phát sinh khi doanh nghiệp nộp tờ khai bổ sung của các kỳ trước dẫn đến tăng/giảm số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, hoặc do kết luận kiểm tra của cơ quan thuế yêu cầu giảm số thuế được khấu trừ.

• Chỉ tiêu [40b]: Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư bù trừ với số thuế phải nộp trong kỳ.

• Chỉ tiêu [40]: Số thuế GTGT phải nộp vào ngân sách nhà nước trong kỳ.

• Chỉ tiêu [43]: Số thuế GTGT còn được khấu trừ tiếp tục chuyển sang kỳ sau.

Tờ khai 01/GTGT (Thông tư 80/2021)

Xem thêm: Chi Phí Được Trừ Khi Tính Thuế TNDN: Theo Công văn 5263/GLA-QLDN2

Hướng dẫn kê khai thuế GTGT Quý 3 theo Tờ khai 01/GTGT (Thông tư 89/2026)

Khi cơ quan thuế chính thức áp dụng mẫu biểu của Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế thực hiện kê khai theo quy chuẩn mới với các điểm lưu ý kỹ thuật:

1. Thông tin chung và phân loại hoạt động

• Chỉ tiêu [01a]: Lựa chọn 1 trong các hoạt động kinh doanh gồm hoạt động SXKD thông thường, xổ số, khai thác dầu khí, dự án đầu tư BĐS khác tỉnh, nhà máy điện khác tỉnh. Không được chọn đồng thời nhiều hoạt động trên cùng một tờ khai.

• Chỉ tiêu [09], [10], [11]: Khai báo mã số thuế, tên và địa chỉ của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại địa phương khác tỉnh với trụ sở chính.

• Chỉ tiêu [21]: Chỉ đánh dấu "X" khi trong kỳ hoàn toàn không phát sinh bất kỳ hóa đơn mua vào hoặc bán ra nào.

2. Thuế GTGT đầu vào mua vào và khấu trừ

• Chỉ tiêu [22]: Bằng chỉ tiêu [43] của kỳ trước.

• Chỉ tiêu [23], [24]: Khai tổng giá trị chưa thuế và tiền thuế của toàn bộ hàng hóa, dịch vụ mua vào.

• Chỉ tiêu [23a], [24a]: Khai tách riêng giá trị và tiền thuế của khâu nhập khẩu.

• Chỉ tiêu [25]: Tổng số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện được khấu trừ theo luật định (loại trừ các hóa đơn không hợp lệ hoặc không phục vụ sản xuất kinh doanh chịu thuế).

3. Phân nhóm doanh thu bán ra theo cấu trúc Thông tư 89

• Chỉ tiêu [26]: Giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra không chịu thuế GTGT.

• Chỉ tiêu [29] đến [33]: Doanh thu và thuế suất phân bổ theo các mức 0%, 5%, 10%.

• Chỉ tiêu [32a]: Hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế.

• Chỉ tiêu [32b]: Giá trị hàng hóa, dịch vụ thuộc trường hợp không tính vào giá tính thuế GTGT.

• Chỉ tiêu [27] và [28]: Được hệ thống tự động tổng hợp:

  • [27] = [29] + [30] + [32] + [32a] - [32b]

  • [28] = [31] + [33]

• Chỉ tiêu [34a]: Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế GTGT.

• Chỉ tiêu [34]: Tổng doanh thu bán ra xác định theo công thức [34] = [26] + [27] + [34a].

• Chỉ tiêu [35]: Tổng thuế GTGT bán ra ([35] = [28]).

4. Quy tắc mới áp dụng cho chỉ tiêu điều chỉnh [37] và [38]

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể các trường hợp kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu [37] (Điều chỉnh giảm) và [38] (Điều chỉnh tăng) mà không cần lập hồ sơ khai bổ sung:

• Hàng hóa mua trả chậm từ 5 triệu đồng trở lên: Đến hạn thanh toán theo hợp đồng nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì kê khai giảm khấu trừ vào chỉ tiêu [37]. Khi có chứng từ thanh toán thực tế, kê khai khấu trừ lại vào chỉ tiêu [38] của kỳ phát sinh chứng từ.

• Sai sót thuế đầu vào: Phát hiện khai sót hoặc sai số thuế đầu vào làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng/giảm số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] tại kỳ phát hiện sai sót.

• Hóa đơn điều chỉnh, thay thế: Nhận được hóa đơn điều chỉnh/thay thế theo Khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC thì ghi nhận vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] của kỳ nhận hóa đơn.

• Chuyển đổi phương pháp tính thuế: Giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết vào chỉ tiêu [37] tại kỳ khai thuế cuối cùng trước khi chuyển sang phương pháp trực tiếp.

5. Xác định số thuế phải nộp hoặc còn được khấu trừ

• Chỉ tiêu [36]: Thuế GTGT phát sinh trong kỳ ([36] = [35] - [25]).

• Chỉ tiêu [39a]: Số thuế GTGT chưa đề nghị hoàn của dự án đầu tư hoặc đơn vị phụ thuộc được chuyển sang tiếp tục khấu trừ.

• Chỉ tiêu [40a]: Thuế GTGT phải nộp của hoạt động SXKD ([40a] = [36] - [22] + [37] - [38] - [39a]). Nếu kết quả lớn hơn 0 thì phát sinh số thuế phải nộp.

• Chỉ tiêu [40]: Thuế GTGT còn phải nộp sau khi bù trừ với chỉ tiêu [40b] (thuế dự án đầu tư mẫu 02/GTGT).

• Chỉ tiêu [41], [42], [43]: Xác định số thuế chưa khấu trừ hết, số đề nghị hoàn và số chuyển sang khấu trừ kỳ sau.

Xem thêm: Tỷ Giá Xuất Hóa Đơn Ngoại Tệ: Hướng Dẫn Quy Định Mới Nhất 2026

Hạn chót nộp tờ khai thuế GTGT Quý 3/2026

Căn cứ Khoản 3 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với loại thuế khai theo quý được quy định cụ thể:

"Đối với loại thuế khai theo quý, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế."

Theo quy định trên, thời hạn thông thường để nộp tờ khai thuế GTGT Quý 3/2026 là ngày 31/10/2026.

Tuy nhiên, do ngày 31/10/2026 trùng vào ngày Thứ Bảy (ngày nghỉ cuối tuần), theo quy định của Luật Quản lý thuế về việc gia hạn thời hiệu thủ tục hành chính, hạn chót nộp tờ khai và nộp tiền thuế GTGT Quý 3/2026 được chuyển sang ngày làm việc tiếp theo: Thứ Hai, ngày 02/11/2026.

Kê khai thuế GTGT đối với trường hợp không phát sinh thường xuyên

Căn cứ Điểm c Khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế có phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT không thường xuyên cần lưu ý:

• Người nộp thuế áp dụng phương pháp trực tiếp có phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT không thường xuyên sẽ thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh.

• Trường hợp trong một tháng người nộp thuế phát sinh nhiều lần nghĩa vụ thuế không thường xuyên thì được lựa chọn gom lại để kê khai theo tháng nhằm đơn giản hóa thủ tục hành chính.

• Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế (Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP).

Giải pháp an toàn thuế cùng Kế Toán Thuế Ngọc Vân

Việc chuyển giao giữa Thông tư 80/2021 và Thông tư 89/2026 đòi hỏi kế toán phải nắm vững tính chất hóa đơn và công thức chỉ tiêu để tránh sai sót dẫn đến phạt hành chính hoặc bị truy thu thuế.

Nếu quý doanh nghiệp đang gặp khó khăn trong việc xử lý hóa đơn đầu vào, vướng mắc bù trừ dự án đầu tư hay cần kiểm tra lại tờ khai thuế Quý 3, Kế Toán Thuế Ngọc Vân luôn sẵn sàng đồng hành:

• Dịch vụ kế toán thuế trọn gói: Thay mặt doanh nghiệp lập tờ khai thuế GTGT, TNCN, TNDN chính xác, tối ưu chi phí hợp lý hợp lệ.

• Dịch vụ rà soát sổ sách kế toán: Phát hiện kịp thời rủi ro sai sót chứng từ, tối ưu hóa các chỉ tiêu điều chỉnh [37], [38] trước khi cơ quan thuế kiểm tra.

• Dịch vụ hoàn thuế GTGT chuyên nghiệp: Hoàn thiện bộ hồ sơ hoàn thuế dự án đầu tư, xuất khẩu nhanh chóng, đúng quy trình pháp luật.

Kế toán thuế Ngọc Vân

CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ DOANH NGHIỆP NGỌC VÂN

• Hotline / Zalo tư vấn miễn phí: 0941 233 469 - 0789 368 883

• Email: [email protected]

• Website: https://vnyuyun.com/

• Trụ sở chính: Tầng 3, Số 69 Nguyễn Tất Tố, Lê Chân, Hải Phòng.

• Chi nhánh: Tầng 6, Số 2 Ngõ 18, Nguyễn Cơ Thạch, Từ Liêm, Hà Nội

• Chi nhánh: Số 88, Đường 20/8, Phường Hà Giang 1, Tuyên Quang